ماکوتو کونو یک دختر دبیرستانی که با خانواده اش در توکیو زندگی می کند. داستان از جایی شروع می شود که ماکوتو پیغامی را بر روی تخته سیاه دبیرستان خود می خواند و بدون اطلاع با شیء عجیبی شبیه به گردو برخورد می کند. او در هنگام برگشت به خانه با دوچرخه تعادل خود را از دست داده و با قطاری تصادف می کند، اما به زودی متوجه می شود که او توانایی سفر در زمان را دارد...