بعد از اینکه خدمه سفینه "اینترپرایز" با یک تهدید وحشتناک از جانب یکی از افراد سازمان خودشان مواجه می شوند, "کاپیتان کیرک" تصمیم می گیرد یک گروه تعقیب تشکیل دهد و برای دستگیری آن شخص و پیدا کردن سلاح کشتار جمعی اش وارد منطقه جنگی شوند و ...