داستان این فیلم درباره هیپاتیا (ریچل وایس) بانوی ستاره‌شناس و فیلسوف در اسکندریه در دوران حکومت روم بر این سرزمین در قرن چهارم میلادی و رابطه او با دو رقیب عشقی، یکی برده‌اش داووس (مکس مینگلا) و دیگری اشراف‌زاده‌ای به‌نام اریستس (اسکار آیزاک) است. داووس از سویی عاشق بانوی خود شده و از سویی دیگر می‌تواند با پیوستن به طغیان مسیحیان به آزادی برسد. در کنار داستان رمانتیک فیلم، داستان تاریخی نیز روایت می‌شود. داستان قدرت‌گیری مسیحیان و تسلط تعصب و جهل مذهبی بر خردورزی و دانش، که تصویری نمادین از کشمش‌های ایدئولوژیک دوران معاصر را تداعی می‌کند.