داستان انیمیشن سریالی در مورد نوجوانی به نام ناروتو اوزاماکی است . این نوجوان در روستایی به نام شینجو با دوستان خود زندگی میکند . ناروتو رویای تبدیل شدن به بزرگترین نینجای منطقه را در سر خود می پروراند و برای این کار تلاش بی وقفه ای را پی میگیرد . این سریال داستان تبدیل شدن ناروتو به نینجای بزرگ را روایت میکند و مشکلاتی که وی در این راه متحمل می شود . درانیمیشن ناروتو شیپدن در هر قسمت درگیر مشکلات زیادی می شود و به سختی و با کمک دوستان وفادار خود می تواند از دست این مشکلات رهایی یابد...