در سال ۲۰۰۰ پس از مسیح، یک برخورد سرّی بین یک هیئت اعزامی و موجودیت ناشناخته ای به نام فرشته موجب یک فاجعه در کره زمین می شود.حال در سال ۲۰۱۵، فرشته ها برگشته اند. شینجی ایکاری، پسری ۱۴ ساله در این دنیای جدید، توسط پدری که با او روابط سردی دارد به شهری زیرزمینی واقع در زیر شهر توکیو که توکیو-۳ خوانده شده تا در NERV که یک آزمایشگاه پشتیبانی شده از طرف سازمان ملل متحد است حضور پیدا کند. برای مقاومت در برابر قدرت خارق العاده فرشته ها، NERV یک اسلحه نیمه-مکانیکی به شکل یک روبات طراحی کرده که تقدیر شینجی کنترل کردن این هیولای وحشتناک است...