سفر «نيو» (ريوز) به دنياي واقعي و به دروازه هاي ورودي ماتريکس، تغيير و تحولاتي در او به وجود آورده و او را از قدرت هايش محروم و در ناکجا آبادي بين ماتريکس و دنياي ماشين ها رها کرده است. جنگ بين انسان و ماشين نيز به اوج خود رسيده...