داستان «گرگ‌ها» از محکومیت مردی به نام «صفدر آهنگر» شروع می‌شود که محکوم به اعدام شده است و حکیم شهر که مردی متقی و پرهیزگار است، به سبب این حکم به مقابله با حاکمیت وقت برمی‌خیزد و در نهایت نهضتی که برپا می‌شود سبب‌ساز سقوط حکومت و آزادسازی زندانیان می‌شود. هرچند ماجراها و وقایع این سریال بسیار نمادین بوده، اما سعی شده از این طریق مفاهیمی مانند: انقلاب، عشق، ظلم‌ستیزی، رشوه‌خواری و دیگر مسائل دوره‌های مختلف این کشور کهن به تصویر کشیده شود.