داستان در مورد دو تا برادر کیمیاگره. مادر اون ها مریض میشه و اونها با استفاده از روش کیمیاگری به اسم تابو سعی میکنن اون رو به دنیا برگردونن. اما پروسه شکست میخوره و برادر کوچکترتمام بدنشو از دست میده و برادر بزرگتر آلفونس هم به اسم پای چپش رو گم میکنه. ادوارد دست راست خودشو قربانی میکنه و از اون برای یه واکنش استفاده میکنه تا بتونه روح برادرش رو توی یه زره فولادی جمع کنه. اون با کمک یکی از دوستاشون دست و پای جدید میگیره و با برادرش قسم میخورن که سنگی به اسم سنگ فلاسفه رو پیدا کنن تا به شکل اولشون برگردن. و توی این راه اونا به ارتش ملحق میشن...