داستان شهر گربه‌ها ۲ ادامه ماجراهای قسمت اول است؛ جایی که گربه‌ها برای رسیدن به آرزوهای خود با چالش‌های جدیدی مواجه می‌شوند. در این قسمت، حاکم دسیسه‌چین و پروفسور به عنوان شخصیت‌های منفی وارد عمل شده‌اند و نقشه‌هایی برای تصاحب عمر گربه‌ها طراحی کرده‌اند. پیام فیلم همچنان بر محوریت تلاش برای دستیابی به آرزوها، دوستی و همکاری استوار است، اما در این دنباله، تلاش شده تا پیام‌های اجتماعی و فرهنگی عمیق‌تری به مخاطبان منتقل شود.