توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان ها توسط گونه ای از ماشین ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.