داستان فیلم در ژاپن رخ می دهد و از سال ۱۹۹۰ شروع شده و در زمان حال به اتمام می رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می شود: فصل اول «شکوفه ی گیلاس»، فصل دوم «فضا نورد» و فصل سوم «5 سانتی متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه ها و برخورد او و انسان های پیرامونش با محیط است...